Принцип дії пристрою що має назву «скиммер для аквариума» гранично простий.
Молекули багатьох хімічних сполук, як органічних, так і неорганічних певним чином взаємодіють з молекулами води.
Гідрофільна частина, що несе заряд, притягує полярні молекули води, а гідрофобна частина молекули, електрично нейтральна і володіє водовідштовхувальними властивостями. В результаті такої взаємодії ці молекули розташовуються на межі поділу двох середовищ.
Стосовно до акваріуму це поверхнева плівка між водою і повітрям. Гідрофільні частини молекул виявляються зануреними у воду, а гідрофобні частини прагнуть покинути воду і переміститися в повітряну зону.
Подібні речовини називаються поверхнево—активними. До них відносяться численні органічні сполуки: білки, жири, вуглеводи, нуклеїнові кислоти і так далі, а також багато неорганічні речовини, в тому числі солі важких металів.
У циліндрі скиммера утворюються мільйони крихітних пухирців, що утворюють величезну контактну поверхню між водою і газом, до якої і притягуються поверхнево—активні речовини.
Величезне значення має розмір бульбашок. Чим дрібніше бульбашки тим більше площа контакту газу з водою. Так бульбашки діаметром 1 мм отримані з 1 літра повітря мають загальну площу поверхні 6 м2, а бульбашки з діаметром 0,1 мм отримані з такого ж обсягу повітря мають загальну площу поверхні вже рівну 60 м2. Звідси можна зробити висновок, що дрібні бульбашки мають набагато кращими контактними можливостями.
Ще один важливий параметр, це час, протягом якого бульбашки знаходяться в товщі води. Чим більше цей час, тим ефективніше вони збирають забруднюючі речовини.
Під час руху бульбашки в товщі води, в силу певних гідродинамічних особливостей, позаду нього формується зона позбавлена турбулентних завихрень, в якій тиск води трохи нижчий, ніж в навколишньому його просторі. В результаті цього в цю зону потрапляють найдрібніші тверді частинки знаходяться в товщі води. Рухаючись за бульбашками ці частинки досягають поверхні і утворюють на ній маслянисту піну, підштовхує знизу тиском створюваним іншими спливаючими бульбашками, забруднена піна переливається в пеносборнік. Цей процес отримав назву флотация.
Звідси інша назва скиммера — флотатор. Крім видалення твердих частинок детриту, подібним чином з води витягають мікроскопічні водорості і численні бактерії.
